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Updated: Jan 15, 2026
11:34
Building Up a High-throughput Screening Platform to Assess the Heterogeneity of HER2 Gene Amplification in Breast Cancers
Published on: December 5, 2017
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Perfilado de Hi-C de alta resolución de tejidos mamarios humanos utilizando un protocolo optimizado para muestras
Lavanya Choppavarapu1, Kun Fang1, Stephen Eacker2
1Divison of Biostatistics, Data Science Institute, Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WI 53226, USA; MCW Cancer Center, Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WI 53226, USA.
STAR protocols
|January 13, 2026
Resumen
Optimizamos un protocolo de Hi-C de alta resolución para analizar la estructura del genoma 3D en tejido mamario humano. Este método mejora el análisis de la interacción de la cromatina para estudios genómicos avanzados.
Área de la Ciencia:
- Genómica
- Biología Molecular
- Biotecnología
Sus antecedentes:
- Comprender la organización del genoma tridimensional (3D) es crucial para descifrar la regulación génica y la función celular.
- Los protocolos de Hi-C existentes pueden requerir optimización para tipos de tejido específicos, como el tejido mamario humano, para lograr una alta resolución.
Objetivo del estudio:
- Presentar un protocolo optimizado de Hi-C de alta resolución específicamente para tejidos mamarios humanos.
- Permitir el análisis detallado de la cromatina 3D a nivel de genoma completo en este importante tipo de tejido.
Principales métodos:
- Se utilizó el kit Proximo Hi-C de Phase Genomics para el desarrollo del protocolo optimizado.
- Se incorporó el procesamiento de tejidos con nitrógeno líquido, la fragmentación controlada de la cromatina y la ligación de proximidad.
- Se empleó el enriquecimiento con perlas de estreptavidina, la preparación de bibliotecas en perlas y la selección por tamaño para la secuenciación de Illumina.
Principales resultados:
- Se generó con éxito material de alta calidad adecuado para el análisis 3D de la cromatina de alta resolución y a nivel de genoma completo.
- El protocolo es detallado y reproducible para investigadores que trabajan con muestras de tejido mamario humano.
Conclusiones:
- El protocolo optimizado de Hi-C proporciona un método robusto para investigar la arquitectura del genoma 3D en tejidos mamarios humanos.
- Este avance facilita una comprensión más profunda del panorama genómico del tejido mamario, lo que podría tener un impacto en la investigación y el diagnóstico del cáncer.
