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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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CircRM: perfilado de modificaciones de ARN circular a partir de secuenciación de ARN directo de nanoporo

Jiayi Li1,2,3, Shenglun Chen1,2,4, Zhixing Wu1,2,5,6

  • 1Department of Biosciences and Bioinformatics, School of Science, Xi'an Jiaotong-Liverpool University, 111 Ren'ai Road, Suzhou Industrial Park, Suzhou, Jiangsu 215123, China.

Briefings in bioinformatics
|January 13, 2026
PubMed
Resumen

CircRM, una nueva herramienta computacional, perfila las modificaciones de ARN en los ARN circulares utilizando la secuenciación de nanoporos. Revela patrones de modificación únicos en los ARN circulares, distintos de los ARN lineales.

Palabras clave:
ARN circularepitranscriptómicasecuenciación de ARN directo de nanoporo

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Área de la Ciencia:

  • Biología Molecular
  • Genómica
  • Bioinformática

Sus antecedentes:

  • Los ARN circulares (circRNAs) son moléculas reguladoras clave.
  • Las modificaciones de ARN influyen significativamente en la función de los circRNAs.
  • Los métodos existentes carecen de resolución para el perfilado de modificaciones de circRNA.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar un método computacional para perfilar modificaciones de ARN en circRNAs.
  • Caracterizar el paisaje epitranscriptómico de circRNAs a resolución de molécula única.
  • Identificar patrones y características de modificación específicos de circRNA.

Principales métodos:

  • Desarrolló CircRM, una herramienta computacional que aprovecha la secuenciación de ARN directo de nanoporo.
  • Integró la detección de circRNA, la detección de modificaciones a nivel de lectura y la cuantificación de la tasa de metilación.
  • Aplicó CircRM para perfilar tres modificaciones principales de ARN (m5C, m6A, m1A) en circRNAs.

Principales resultados:

  • Identificó 427 circRNAs de alta confianza y caracterizó las modificaciones m5C, m6A y m1A.
  • Reveló patrones de modificación distintos en circRNAs en comparación con ARN lineales, con enriquecimiento cerca de las uniones de empalme inverso.
  • Demostró patrones de modificación conservados y específicos del tipo celular en diferentes líneas celulares.

Conclusiones:

  • CircRM proporciona un enfoque computacional potente para estudiar las modificaciones de circRNA.
  • Los circRNAs poseen un paisaje epitranscriptómico único con regulaciones específicas del tipo de ARN.
  • Los hallazgos avanzan la comprensión de la biología de los ARN circulares y los mecanismos de modificación de ARN.