Twist-ONT: Combinación de la secuenciación de nanoporos con el panel de investigación viral integral de Twist

Área de la Ciencia:

• Virología
• Genómica
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• La metagenómica de escopeta a menudo se ve obstaculizada por el ADN humano dominante, lo que complica la detección de secuencias virales.
• Los métodos de enriquecimiento dirigido son cruciales para la secuenciación viral eficiente en muestras complejas.
• Los métodos existentes pueden no aprovechar al máximo las capacidades de secuenciación de lectura larga para la genómica viral.

Objetivo del estudio:

• Presentar un protocolo novedoso, Twist-ONT, que integra el Panel Integral de Investigación Viral (CVRP) de Twist con la secuenciación de lectura larga de Oxford Nanopore Technologies (ONT).
• Demostrar la eficacia del protocolo en la clasificación de especies virales utilizando muestras clínicas.
• Mostrar la generación de ensamblajes del genoma completo y secuencias de consenso de alta calidad a partir de lecturas virales.

Principales métodos:

• Integración del método de enriquecimiento de captura de hibridación basado en sondas Twist CVRP con la secuenciación de lectura larga ONT.
• Aplicación del protocolo Twist-ONT a muestras clínicas de hisopos nasofaríngeos/de garganta y plasma.
• Utilización de muestras positivas para PCR para diversas infecciones virales para validar el rendimiento del protocolo.

Principales resultados:

• Demostración exitosa de la clasificación de especies virales a partir de muestras clínicas utilizando el protocolo Twist-ONT.
• Generación de ensamblajes del genoma completo y secuencias de consenso de alta calidad a partir de las lecturas de secuenciación obtenidas.
• Enriquecimiento efectivo de secuencias virales, superando los desafíos planteados por el dominio del ADN del huésped.

Conclusiones:

• El protocolo Twist-ONT proporciona una herramienta poderosa para el descubrimiento y la caracterización viral en entornos clínicos.
• Este método facilita estudios avanzados en viromica y genómica viral utilizando la tecnología de secuenciación ONT.
• El protocolo permite el análisis eficiente y preciso de patógenos virales de diversos tipos de muestras.