Caracterización epigenómica, transcriptómica y proteómica de muestras de referencia de líneas celulares de cáncer de...

Área de la Ciencia:

• Genómica y Bioinformática
• Biología Molecular
• Investigación sobre el Cáncer

Sus antecedentes:

• La secuenciación de próxima generación (NGS) exige alta precisión, reproducibilidad y materiales de referencia estandarizados.
• Los estudios SEQC-2 existentes proporcionaron datos genómicos extensos pero carecían de referencias epigenómicas y proteómicas integradas.

Objetivo del estudio:

• Establecer materiales de referencia multiómicos integrales utilizando el Ensayo de Secuenciación de Cromatina Accesible por Transposasa (ATAC-seq), Methyl-seq, secuenciación de ARN (RNA-seq) y perfilado proteómico.
• Proporcionar puntos de referencia bien definidos para la validación de ensayos ómicos y métodos bioinformáticos.

Principales métodos:

• Se realizó ATAC-seq, Methyl-seq, RNA-seq y perfilado proteómico en líneas celulares de cáncer de mama y de células B emparejadas.
• Se integraron datos genómicos, epigenómicos, transcriptómicos y proteómicos.

Principales resultados:

• Se identificaron más de 7.700 grupos de proteínas, y el 95% de los genes codifican una sola isoforma peptídica.
• La expresión de proteínas fue mayor en los transcritos superpuestos de la isla CpG (CGI).
• La accesibilidad de la cromatina se correlacionó con la densidad de CG, influyendo en los patrones de expresión génica y proteica.

Conclusiones:

• Se desarrollaron conjuntos de datos de referencia multiómicos integrales para líneas celulares de cáncer e inmunitarias.
• Estos puntos de referencia son valiosos para la validación de tecnologías ómicas y pipelines bioinformáticos.
• Los datos respaldan un recurso comunitario para avanzar en la investigación ómica.