Inferencia de redes impulsada por datos y transcriptómica longitudinal desvelan la regulación dinámica en modelos de...

Área de la Ciencia:

• Biología del Cáncer
• Inmunología
• Biología Computacional

Sus antecedentes:

• El microambiente tumoral (TME) influye significativamente en el comportamiento de las células cancerosas, sin embargo, los cambios regulatorios específicos dentro de las células cancerosas que interactúan con las células inmunes no se comprenden completamente.
• Esta brecha de conocimiento dificulta las estrategias de tratamiento efectivas para enfermedades como la Leucemia Linfocítica Crónica (LLC).

Objetivo del estudio:

• Investigar los mecanismos regulatorios dinámicos que rigen el comportamiento de las células de Leucemia Linfocítica Crónica (LLC) en respuesta a las interacciones de las células inmunes dentro del TME.
• Desarrollar y aplicar un marco computacional para analizar datos transcriptómicos de series temporales para inferir redes regulatorias génicas (GRN).

Principales métodos:

• Se utilizó transcriptómica de series temporales en muestras de pacientes con LLC cultivadas en un TME in vitro reconstituido durante cinco puntos de tiempo (14 días).
• Se empleó la inferencia de GRN basada en datos a partir de la actividad del factor de transcripción para capturar interacciones regulatorias temporales y específicas del paciente.
• Se analizaron perfiles de expresión génica para identificar módulos génicos asociados con interacciones entre células inmunes y cancerosas.

Principales resultados:

• Identificadas redes regulatorias génicas (GRN) específicas del paciente y resueltas temporalmente, que demuestran cómo las señales inmunes modulan el fenotipo de las células de LLC.
• Revelados distintos módulos génicos vinculados a la señalización de citoquinas, reprogramación metabólica y diferenciación, cruciales para la comunicación entre células inmunes y cancerosas.
• Se encontró que, si bien las células inmunes influyen en la activación de las células de LLC, las características celulares intrínsecas dictan predominantemente la supervivencia.

Conclusiones:

• La presencia de células inmunes impacta significativamente la activación de las células de LLC y los cambios fenotípicos a través de redes regulatorias específicas.
• La supervivencia de las células de LLC se rige principalmente por factores intrínsecos, independientemente de las interacciones con las células inmunes.
• El estudio proporciona un marco computacional robusto para integrar la transcriptómica de series temporales y la inferencia de GRN para estudiar comportamientos celulares dinámicos.