Reparación de extremos subestima la metilación en bibliotecas de ADN libre de células

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular
• Genómica
• Epigenética

Sus antecedentes:

• La secuenciación de metilación de cfDNA es crucial para determinar el tejido de origen y la estructura de la cromatina.
• Los flujos de trabajo de preparación de bibliotecas para el análisis de cfDNA a menudo implican pasos de reparación de extremos.

Objetivo del estudio:

• Investigar el impacto de la reparación de extremos durante la preparación de bibliotecas en la inferencia de metilación de cfDNA.
• Comparar la precisión de la determinación del tejido de origen utilizando bibliotecas de cfDNA de cadena simple frente a las de doble cadena.

Principales métodos:

• Se prepararon bibliotecas de ADN de cadena simple y doble cadena coincidentes a partir de extractos idénticos de cfDNA.
• Se analizaron los niveles de metilación de CpG inferidos en ambos tipos de bibliotecas.
• Se evaluó la precisión de la predicción del tejido de origen.

Principales resultados:

• La reparación de extremos en bibliotecas de cfDNA de doble cadena redujo significativamente la metilación de CpG inferida globalmente.
• Esta reducción en la inferencia de metilación condujo a una menor precisión en la determinación del tejido de origen.
• El recorte de los extremos de lectura en bibliotecas de doble cadena corrigió parcialmente el sesgo, pero redujo la cobertura y perdió datos fragmentómicos.
• Las bibliotecas de cfDNA de cadena simple, que omiten la reparación de extremos, preservaron la precisión de la metilación y la información fragmentómica.

Conclusiones:

• La reparación de extremos es un paso crítico que introduce sesgos en la secuenciación de metilación de cfDNA, lo que afecta la precisión del tejido de origen.
• La preparación de bibliotecas de cadena simple es un método superior para el análisis de metilación de cfDNA, ya que preserva información epigenética y fragmentómica crucial.