CottonGen 2025: una base de conocimientos para la investigación en genómica, genética y mejora del algodón

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Bioinformática
• Ciencia vegetal

Sus antecedentes:

• CottonGen ha servido como una plataforma genómica integrada para la investigación del algodón desde 2012.
• Consolidó recursos de CottonDB y Cotton Marker Database, desarrollando capacidades analíticas avanzadas.
• La plataforma ha experimentado una expansión sustancial entre 2021 y 2025.

Objetivo del estudio:

• Detallar las mejoras recientes y las capacidades ampliadas de la plataforma CottonGen.
• Destacar cómo CottonGen apoya diversas aplicaciones de investigación del algodón.
• Subrayar su papel como recurso central para la comunidad global de investigación del algodón.

Principales métodos:

• Integración de módulos actualizados de Tripal para estudios de asociación a nivel de genoma (GWAS) y análisis de expresión génica.
• Implementación de Genotype Investigator para la exploración interactiva de datos de genotipado a gran escala.
• Mejora de las herramientas de búsqueda y visualización, incluido Map Viewer y Breeding Information Management System.

Principales resultados:

• Un aumento de 3 veces en los ensamblajes del genoma tetraploide y las anotaciones génicas.
• Duplicación de los conjuntos de datos de genotipos y un crecimiento de 1,8 veces en los registros de fenotipos.
• Flujos de trabajo de análisis integrados ampliados para la similitud de secuencias, la sintonía, el perfil de expresión, la asociación genotipo-fenotipo y la gestión de datos de mejora.

Conclusiones:

• CottonGen proporciona un recurso completo y en evolución para la genómica del algodón.
• Las herramientas analíticas mejoradas de la plataforma facilitan diversas investigaciones, desde el descubrimiento de genes hasta la selección asistida por marcadores.
• Desempeña un papel crucial en la coordinación de los esfuerzos globales de investigación del algodón y en el apoyo al desarrollo de cultivares.