QuAPPro: una aplicación R shiny para la cuantificación y alineación de perfiles de polisomas

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular
• Bioquímica
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• El perfilado de polisomas es una técnica clave para estudiar la traducción de ARNm y la dinámica de los ribosomas.
• El análisis tradicional se basa en métodos manuales o software especializado, que a menudo carecen de estandarización.
• La medición de proteínas marcadas fluorescentemente asociadas con los ribosomas también forma parte del perfilado de polisomas.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una aplicación web accesible e interactiva para el análisis de perfiles de polisomas.
• Proporcionar un método estandarizado para alinear y cuantificar perfiles de polisomas independientemente del origen de los datos.
• Facilitar el análisis de datos de absorbancia UV y fluorescencia de experimentos de perfilado de polisomas.

Principales métodos:

• Desarrollo de QuAPPro, una aplicación web que utiliza R y R Shiny.
• Implementación de funciones interactivas para el suavizado de perfiles, la selección de línea base y la alineación.
• Inclusión de herramientas de cuantificación para subsecciones de perfiles y deconstrucción de picos.
• Procesamiento paralelo para la alineación y cuantificación de perfiles de fluorescencia.

Principales resultados:

• QuAPPro permite la cuantificación y alineación de perfiles de polisomas independiente del dispositivo y del software.
• La aplicación ofrece visualización interactiva, suavizado, selección de línea base y alineación.
• Los resultados se pueden resumir y exportar en formatos listos para publicar, incluidos gráficos de barras.

Conclusiones:

• QuAPPro ofrece una solución fácil de usar para acelerar el análisis de perfiles de polisomas.
• La herramienta mejora la reproducibilidad y la documentación de los estudios de traducción.
• No se requieren conocimientos de programación ni software comercial para usar QuAPPro.