RNA-Seq: Cuantificación de la Expresión Génica para el Ensayo GARDskin

Área de la Ciencia:

• Toxicología
• Genómica
• Ensayos in vitro

Sus antecedentes:

• Los métodos sin animales para la identificación de sensibilizadores cutáneos están avanzando.
• El ensayo GARDskin utiliza actualmente expresión génica dirigida para la clasificación de peligros.
• La secuenciación de próxima generación ofrece nuevas posibilidades para el análisis de la expresión génica.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la secuenciación de ARN (RNA-seq) como método de cuantificación de la expresión génica para el ensayo GARDskin.
• Comparar los datos de RNA-seq con la plataforma actual NanoString nCounter.
• Evaluar la fiabilidad de RNA-seq para la clasificación del peligro de sensibilizadores cutáneos.

Principales métodos:

• Se realizó RNA-seq en 24 muestras pareadas analizadas previamente por NanoString nCounter.
• Se compararon los perfiles de expresión génica de ambas plataformas.
• Se utilizaron datos de RNA-seq con el conducto de análisis estándar GARDskin para la clasificación de peligros.

Principales resultados:

• Los perfiles de expresión génica de RNA-seq y NanoString fueron muy similares (rho de Spearman=0.95, CCC de Lin=0.87).
• Los datos de RNA-seq clasificaron con éxito el peligro de sensibilización de 24 tratamientos.
• Las clasificaciones utilizando datos de RNA-seq correspondieron completamente con las clasificaciones de referencia.

Conclusiones:

• Los datos de RNA-seq se parecen mucho a los datos de NanoString nCounter.
• RNA-seq se puede utilizar de forma fiable para clasificaciones de peligros dentro del ensayo GARDskin.
• Esto valida RNA-seq como una alternativa viable para la cuantificación de la expresión génica en pruebas sin animales.