Una Plataforma Unificada y Escalable Propuesta para la Investigación Integrativa de Especies Venenosas

Área de la Ciencia:

• Bioinformática
• Zoología
• Farmacología

Sus antecedentes:

• La investigación de animales venenosos se ve obstaculizada por bases de datos fragmentadas y no interoperables para datos genómicos, proteómicos y ecológicos.
• El potencial de los organismos venenosos para descubrimientos farmacológicos y evolutivos novedosos está limitado por un panorama informático fragmentado que carece de integración a macroescala.
• Los silos de datos existentes impiden un análisis y descubrimiento exhaustivos en taxones portadores de veneno.

Objetivo del estudio:

• Presentar VenomsBase, un recurso integrado y modular para sintetizar datos multiómicos, metadatos ecológicos y anotaciones funcionales para organismos venenosos.
• Establecer un recurso de datos FAIR (Localizable, Accesible, Interoperable, Reutilizable) que facilite la integración y el análisis a macroescala.
• Acelerar el descubrimiento de venenos para aplicaciones terapéuticas y evolutivas y fomentar un ecosistema de investigación colaborativo.

Principales métodos:

• Desarrolló una arquitectura impulsada por ontologías combinada con flujos de trabajo en la nube de big data para la integración de datos.
• Implementó la integración de secuencias, la agrupación de motivos, la visualización 3D y la vinculación de metadatos ecológicos.
• Aseguró la accesibilidad mundial a través de herramientas estandarizadas y módulos de capacitación, cumpliendo con las directrices FAIR.

Principales resultados:

• VenomsBase integra con éxito datos multiómicos, metadatos ecológicos y anotaciones funcionales para organismos portadores de veneno.
• El recurso proporciona herramientas para el análisis de secuencias, el descubrimiento de motivos, la visualización de estructuras 3D y la correlación de nichos ecológicos.
• Los módulos estandarizados y la capacitación mejoran la accesibilidad para investigadores de todo el mundo, incluidos aquellos en entornos con recursos limitados.

Conclusiones:

• VenomsBase acelera significativamente el descubrimiento de venenos para la investigación terapéutica y evolutiva al proporcionar conjuntos de datos validados y referenciados cruzadamente.
• La plataforma fomenta un ecosistema de investigación de venenos abierto, colaborativo y preparado para la innovación.
• Su diseño modular permite la expansión futura y la integración de herramientas analíticas y especies adicionales.