TGP-WEB: Un servidor para la predicción automática de genes de genomas de Trichoderma

Área de la Ciencia:

• Genómica; Bioinformática; Micología

Sus antecedentes:

• Las especies de Trichoderma son microorganismos vitales beneficiosos para las plantas y agentes de control biológico.; La predicción precisa de genes es crucial para comprender la genómica y las funciones de Trichoderma.; Las herramientas de predicción de genes existentes pueden carecer de especificidad o eficiencia para Trichoderma.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y presentar el servidor web de predicción de genes de Trichoderma (TGP-WEB) para la predicción precisa de genes en genomas de Trichoderma.; Proporcionar una plataforma fácil de usar para que los investigadores obtengan conjuntos de genes completos y anotaciones funcionales.; Facilitar estudios genómicos y la clarificación taxonómica de especies de Trichoderma.

Principales métodos:

• Estrategia híbrida de predicción de genes que combina métodos *ab initio* (Augustus, GeneMark) y basados en homología (Braker).; Integración y priorización de predicciones utilizando un marco de clasificación.; Evaluación funcional a través de anotación de dominios y evaluación BUSCO para determinar la completitud.; Se utilizaron secuencias de proteínas fúngicas de la base de datos NCBI Refseq para la predicción basada en homología.

Principales resultados:

• TGP-WEB logró una alta precisión en la predicción de genes en 177 genomas de Trichoderma.; La evaluación comparativa mostró una recuperación de genes >90% en el 88% de los genomas publicados.; Se generaron conjuntos de genes completos para 135 genomas previamente no anotados.; La evaluación BUSCO indicó una completitud >97% para el 94,92% de los genomas.; Permitió la identificación de 2100 genes de copia única para un análisis filogenético robusto.

Conclusiones:

• TGP-WEB es una herramienta precisa y eficiente para la predicción de genes en genomas de Trichoderma.; Los conjuntos de genes generados y el análisis filogenético mejoran la comprensión de la taxonomía y la evolución de Trichoderma.; TGP-WEB apoyará la investigación en curso sobre estas importantes especies fúngicas.