Simulación viral revela sesgo de sobreestimación en las estimaciones de la tasa de migración filodinámica dentro del...

Área de la Ciencia:

• Virología
• Biología evolutiva
• Biología computacional

Sus antecedentes:

• Los métodos filodinámicos infieren la dinámica de las poblaciones virales dentro de los huéspedes.
• Estos métodos son cruciales para comprender la transmisión del VIH-1 entre compartimentos anatómicos.
• Los métodos actuales a menudo asumen una evolución neutral, ignorando las presiones de selección genómica.

Objetivo del estudio:

• Investigar el impacto de la selección en las estimaciones de la tasa de migración filodinámica.
• Evaluar los sesgos en las estimaciones de la tasa de migración bajo diferentes modelos evolutivos.
• Evaluar la precisión de los métodos filogeográficos en entornos selectivos.

Principales métodos:

• Desarrolló 'virolution', una herramienta de simulación basada en agentes para la evolución viral dentro del huésped.
• Simuló secuencias virales y genealogías bajo selección neutral y purificadora.
• Aplicó modelos de mezcla estocástica y coalescencia estructurada en BEAST2.

Principales resultados:

• La selección purificadora sobreestima significativamente las tasas de migración.
• Se observó un sesgo tanto en los modelos de mezcla estocástica como en los de coalescencia estructurada.
• Los métodos filogeográficos comunes que asumen neutralidad no son fiables bajo selección.

Conclusiones:

• La selección sesga significativamente las estimaciones de la tasa de migración filodinámica.
• Los métodos filogeográficos actuales requieren una reevaluación para su uso en regímenes selectivos.
• Los hallazgos tienen implicaciones críticas para la investigación de la dinámica de la transmisión del VIH-1.