Paisaje de accesibilidad de la cromatina en múltiples órganos de un solo núcleo en la rata adulta

Área de la Ciencia:

• Genómica; Epigenética; Biología Comparada

Sus antecedentes:

• La accesibilidad de la cromatina es fundamental para la expresión génica específica de las células.
• Comprender este panorama es crucial para descifrar los mecanismos reguladores.
• La rata (Rattus norvegicus) es un organismo modelo clave en la investigación biomédica.

Objetivo del estudio:

• Generar un atlas integral de accesibilidad de la cromatina de un solo núcleo y multiorgánico en la rata.
• Identificar y clasificar diversos tipos celulares en varios órganos de rata.
• Investigar elementos reguladores específicos del tipo celular y su conservación entre especies.

Principales métodos:

• Se realizó secuenciación de Transposasa-Accesible de Cromatina de un solo núcleo (snATAC-seq) en nueve órganos de Rattus norvegicus.
• Se construyeron 25 bibliotecas de snATAC-seq, que abarcan más de 110.000 células.
• Los tipos celulares se clasificaron integrando puntuaciones de actividad génica con genes marcadores conocidos.

Principales resultados:

• Se creó un atlas de alta resolución de la accesibilidad de la cromatina, que identificó 77 tipos celulares distintos.
• Los tipos celulares de rata identificados mostraron una fuerte correlación con los atlas de transcriptoma unicelular de ratón establecidos.
• El análisis reveló características compartidas y específicas de órganos de células endoteliales y estromales, estados regulatorios de macrófagos y programas de regulación génica conservados.

Conclusiones:

• El atlas de accesibilidad de la cromatina de rata generado sirve como un recurso fundamental para comprender la lógica regulatoria específica del tejido.
• Este atlas facilita la anotación avanzada de tipos celulares y la inferencia funcional en el modelo de rata.
• Los hallazgos respaldan la utilidad de la rata para estudios comparativos interorgánicos e interespecíficos en la regulación génica.