Flujo de trabajo completo de análisis de datos para espectrometría de masas DIA cuantitativa utilizando Nextflow

Área de la Ciencia:

• Proteómica
• Espectrometría de masas
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• La adquisición de datos independiente (DIA) por espectrometría de masas ofrece una caracterización integral de proteínas, pero genera conjuntos de datos grandes y complejos.
• El análisis de datos DIA requiere herramientas computacionales robustas para gestionar flujos de trabajo complejos y computación de alto rendimiento.

Objetivo del estudio:

• Presentar glaDIAtor-nf, un flujo de trabajo basado en Nextflow para el análisis de datos de proteómica de espectrometría de masas DIA no dirigida.
• Demostrar la utilidad de glaDIAtor-nf en el reanálisis de conjuntos de datos públicos y el descubrimiento de información biológica previamente oculta.

Principales métodos:

• Desarrollo de glaDIAtor-nf utilizando el sistema de gestión de flujos de trabajo Nextflow.
• Validación técnica rigurosa utilizando conjuntos de datos de referencia.
• Aplicación a datos de proteómica de cáncer de mama públicos.

Principales resultados:

• glaDIAtor-nf demostró precisión técnica en el análisis de datos de espectrometría de masas DIA.
• El reanálisis de datos públicos de cáncer de mama utilizando glaDIAtor-nf reveló patrones de proteoma previamente indetectables.
• El estudio destaca el potencial de reanalizar los datos públicos existentes con herramientas eficientes.

Conclusiones:

• glaDIAtor-nf proporciona una solución eficiente y automatizada para el análisis de datos de proteómica DIA a gran escala.
• El flujo de trabajo facilita el descubrimiento de nuevos conocimientos biológicos a partir de repositorios públicos.
• Existe una necesidad significativa de herramientas fáciles de usar para permitir el reanálisis generalizado de datos de proteómica públicos.