Pipeline de referencia libre para detectar elementos transponibles compartidos de genomas completos para rastrear su...

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Evolutiva
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• Los elementos transponibles (TE) contribuyen a la adaptación del huésped generando variación genética dentro de las poblaciones.
• La selección natural actúa sobre esta variabilidad inducida por TE, facilitando la adaptación a los cambios ambientales.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una nueva herramienta pangenómica, panREPET, para identificar inserciones de elementos transponibles compartidos en múltiples genomas.
• Superar las limitaciones del análisis genómico basado en referencia permitiendo la exploración de la diversidad genómica.

Principales métodos:

• Desarrollo del pipeline panREPET para la identificación de novo de inserciones de TE.
• Aplicación de panREPET a 42 genomas de Brachypodium distachyon.
• Análisis comparativo con herramientas pangenómicas existentes para resaltar las ventajas de panREPET.

Principales resultados:

• panREPET identificó con éxito inserciones de TE compartidas entre los genomas analizados.
• La herramienta opera independientemente de un genoma de referencia, proporcionando datos precisos de secuencia y ubicación de TE.
• El análisis reveló dos grandes explosiones de elementos transponibles que coinciden con el Último Máximo Glacial y los eventos climáticos del Holoceno.

Conclusiones:

• panREPET es una herramienta valiosa para explorar la diversidad genómica y comprender el papel de los TE en la adaptación.
• Los hallazgos sugieren una correlación entre el estrés ambiental, los eventos climáticos y la actividad de los elementos transponibles.
• El estudio demuestra el potencial de panREPET para descubrir la dinámica evolutiva impulsada por los TE.