ProteoformDB: una base de datos integradora para las funciones funcionales de las proteoformas.

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• La Proteómica es la Proteómica.
• La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

• Las proteoformas del empalme alternativo expanden las funciones celulares, contribuyendo a la diversidad genómica y proteómica.
• Las bases de datos limitadas para anotaciones funcionales proteoformes dificultan la investigación de sus variaciones funcionales.

Objetivo del estudio:

• Introducir ProteoformDB, un recurso web para anotaciones y análisis funcionales integrados de proteoformas.
• Proporcionar herramientas para predecir las funciones proteoformes y comprender los mecanismos reguladores funcionales.

Principales métodos:

• Desarrolló un recurso web (ProteoformDB) con interfaces fáciles de usar para la búsqueda, visualización y análisis de datos.
• Anotaciones funcionales integradas a nivel de transcripción para proteoformas en múltiples especies.
• Habilitado el análisis de eventos moleculares (secuencia, dominio, PTM) que afectan la función de la proteoforma.

Principales resultados:

• ProteoformDB organiza anotaciones funcionales para proteoformas de 214 especies animales y 28 especies vegetales.
• El recurso facilita la investigación de las diferencias funcionales impulsadas por eventos moleculares.
• Incluye el procesamiento de datos de 154.83 GB.

Conclusiones:

• ProteoformDB sirve como un recurso valioso y expandible para la investigación de la función de las proteoformas.
• Apoya estudios en la función del genoma / transcriptoma, los mecanismos de la enfermedad y campos relacionados.
• Ayuda a descubrir diferencias funcionales entre las variantes de proteínas.