Datos de ensamblaje del genoma de grado de referencia de un ciervo sika en Hokkaido, Japón, Cervus nippon yesoensis

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Zoología Zoología Zoología.
• Biología Molecular Biología Molecular

Sus antecedentes:

• El ciervo Sika (Cervus nippon) exhibe una significativa diversidad fenotípica y genética en 14 subespecies nativas de Asia oriental.
• Comprender esta diversidad requiere recursos genómicos de alta calidad para varias subespecies.

Objetivo del estudio:

• Para construir un ensamblaje de genoma de novo para el ciervo sika, centrándose en las grandes subespecies C. n. yesoensis.
• Proporcionar un recurso genómico integral para futuras investigaciones sobre la biología y evolución del ciervo sika.

Principales métodos:

• Utilizó la tecnología de secuenciación de larga lectura HiFi de Pacific Biosciences para el ensamblaje preciso del genoma.
• Empleado Compleasm y Benchmarking Ortólogos Universales de Copia Única (BUSCO) para la evaluación rigurosa de la integridad del genoma.

Principales resultados:

• Generó un nuevo ensamblaje de genoma, CerNipYes1.0, con un tamaño de 3.1Gb, más grande que los ensamblajes reportados anteriormente.
• Logró un recuento de andamios de 1.810 con una longitud N50 de 77Mb, lo que indica un ensamblaje altamente contiguo.
• Se confirmó una excepcional integridad del genoma, con el 99,75% de los genes esperados identificados.

Conclusiones:

• El ensamblaje del genoma CerNipYes1.0 representa un avance significativo en la genómica del ciervo sika.
• Este recurso es crucial para los estudios en profundidad de la biología molecular, la filogenia y la evolución dentro de la familia Cervidae.