Detección sensible de antígenos cancerosos habilitada por bibliotecas de péptidos definidas por el usuario

Área de la Ciencia:

• Inmunología
• Proteómica
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• Los péptidos tumorales unidos al antígeno leucocitario humano (HLA) son cruciales para la inmunología y la inmunoterapia del cáncer.
• Los métodos actuales de espectrometría de masas (MS) para la identificación de péptidos están limitados por la estocasticidad y la falta de bibliotecas espectrales específicas para cada individuo, lo que dificulta el descubrimiento de nuevos péptidos.

Objetivo del estudio:

• Presentar Pepyrus, un sistema novedoso para generar bibliotecas de péptidos definidas por el usuario, específicas para cada individuo o enfermedad en Escherichia coli.
• Mejorar la sensibilidad y la confianza de la identificación de péptidos basada en MS, particularmente para neoantígenos de baja abundancia.

Principales métodos:

• Pepyrus genera bibliotecas de péptidos en E. coli para análisis de MS.
• Las bibliotecas se utilizaron con una estrategia de adquisición independiente de datos específica para HLA para la identificación de péptidos.
• Aplicación a líneas celulares de pacientes con melanoma y carcinoma de células renales.

Principales resultados:

• Se logró una recuperación de >75% de las secuencias esperadas por inyección para bibliotecas que exceden los 10,000 péptidos.
• Se identificaron 0.1 fmol de péptidos marcados dentro de un fondo complejo.
• Se facilitó la identificación de péptidos HLA clínicamente relevantes, incluidos otros nuevos, a partir de líneas celulares de cáncer.

Conclusiones:

• Pepyrus mejora significativamente la identificación de péptidos raros unidos a HLA, incluidos los neoantígenos.
• Permite la creación de bibliotecas de péptidos personalizadas para mejorar el diagnóstico e investigación del cáncer.
• Proporciona grandes conjuntos de datos para mejorar las herramientas de análisis de datos de MS, como la predicción del tiempo de retención, espectral y de movilidad iónica.