Abordar errores sistemáticos en toda la pandemia en la filogenia del SARS-CoV-2

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Virología
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• La mayoría de los genomas de SARS-CoV-2 se generaron utilizando amplicones en mosaico, un método propenso a errores sistemáticos.
• Estos errores, a menudo derivados de esquemas de amplicones obsoletos y limitaciones de secuenciación, afectaron la precisión de los análisis filogenéticos.
• La aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 requirió actualizaciones de las estrategias de secuenciación, lo que complicó aún más la reconstrucción del genoma.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un método robusto para la reconstrucción de genomas de SARS-CoV-2 de alta calidad a partir de datos de secuenciación por amplicones.
• Generar un árbol filogenético global preciso que refleje la historia evolutiva del SARS-CoV-2.
• Cuantificar las mejoras en la inferencia filogenética logradas por la nueva metodología.

Principales métodos:

• Se utilizó Viridian, una nueva herramienta de ensamblaje diseñada para procesar rigurosamente los datos de secuencias de amplicones.
• Se reconstruyeron genomas de SARS-CoV-2 a partir de datos públicos disponibles hasta junio de 2024.
• Se construyó un árbol filogenético global que incorporó 4.471.579 muestras.

Principales resultados:

• Se generaron secuencias de consenso de alta calidad abordando los errores sistemáticos inherentes a la secuenciación por amplicones.
• Se desarrolló un árbol filogenético global completo del SARS-CoV-2, accesible a través de un portal público.
• Se validó la metodología Viridian mediante simulaciones y datos empíricos, demostrando mejoras significativas en la precisión filogenética.

Conclusiones:

• Viridian corrige eficazmente los errores de secuenciación de amplicones, lo que conduce a una reconstrucción más fiable del genoma del SARS-CoV-2.
• El árbol filogenético mejorado proporciona una representación más precisa de la evolución viral y la dinámica de las variantes.
• Este trabajo mejora nuestra capacidad para rastrear pandemias y comprender la evolución de los patógenos a través de datos genómicos precisos.