Evaluación de los flujos de trabajo de Oxford Nanopore Technologies para la epidemiología genómica de aislados...

Área de la Ciencia:

• Microbiología Microbiología.
• La genómica es la genómica.
• La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

• La secuenciación precisa de todo el genoma (WGS) es esencial para el diagnóstico clínico y la vigilancia de las infecciones bacterianas.
• Oxford Nanopore Technologies (ONT) ofrece un flujo de trabajo potencial para el WGS bacteriano rápido.

Objetivo del estudio:

• Para evaluar el rendimiento de un nuevo flujo de trabajo ONT (células de flujo R10.4.1, kit V14 RBK) para WGS de bacterias clínicamente relevantes.
• Para comparar el rendimiento de ONT WGS con Illumina MiSeq para el ensamblaje del genoma, el genotipado y la predicción de la resistencia a los antimicrobianos.

Principales métodos:

• Análisis retrospectivo de *Corynebacterium diphtheriae* (CDIP) y enterococos resistentes a la vancomicina (VRE) asociados al brote utilizando ONT e Illumina WGS.
• Evaluación de los kits de preparación de las bibliotecas basados en la transposasa (RBK) y la PCR (RPB).
• La evaluación comparativa de la calidad del ensamblaje del genoma, la tipificación de secuencias multi-locus (MLST, cgMLST), el perfil SNP y la predicción de la resistencia a los antimicrobianos (AMR).

Principales resultados:

• Concordancia completa con Illumina para MLST (ambas especies) y cgMLST (CDIP) en todos los kits ONT probados.
• cgMLST para VRE mostró variabilidad, pero los kits basados en PCR con los últimos modelos de basecalling reproducen los resultados de Illumina.
• La predicción genómica de la RAM fue consistente en todos los métodos de secuenciación; las estrategias híbridas mejoraron la precisión y la integridad.

Conclusiones:

• La secuenciación ONT-only proporciona precisión y consistencia para la tipificación bacteriana en las investigaciones de brotes.
• El estudio pone de relieve las ventajas y limitaciones de los diferentes métodos de preparación de bibliotecas ONT.
• Esto demuestra el potencial para una adopción más amplia de la secuenciación de nanoporos en laboratorios de microbiología clínica.