UCell y pyUCell: puntuación de la firma génica de una sola célula para R y python

Área de la Ciencia:

• Biología computacional Biología computacional.
• El análisis de las moléculas ómicas unicelulares.

Sus antecedentes:

• Las tecnologías omicas de célula única generan datos de alta dimensión.
• La cuantificación de las señales biológicas dentro de estos conjuntos de datos es crucial para el descubrimiento.

Objetivo del estudio:

• Introducir UCell y pyUCell como herramientas eficientes para la puntuación de la firma génica.
• Para permitir la cuantificación robusta de las señales biológicas en los datos ómicos de una sola célula.

Principales métodos:

• Puntuación de la firma genética basada en el rango implementada en R (UCell) y Python (pyUCell).
• Integración con populares flujos de trabajo de análisis de una sola célula como Seurat, Bioconductor y scanpy/scverse.

Principales resultados:

• UCell y pyUCell ofrecen un rendimiento rápido y robusto para la puntuación de la firma genética.
• Estas herramientas facilitan la integración perfecta en las tuberías de análisis de una sola célula existentes.

Conclusiones:

• La puntuación de la firma genética es un método poderoso para analizar los datos de omics de una sola célula.
• UCell y pyUCell proporcionan implementaciones accesibles y eficientes para los investigadores.