Una anotación completa de los dominios proteicos conservados en los retrovirus endógenos humanos

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

• Los retrovirus endógenos humanos (HERV) constituyen una porción significativa del genoma humano.
• Sus capacidades de codificación de proteínas y dominios funcionales permanecen en gran medida sin caracterizar.
• Los HERV se originan en antiguas infecciones de la línea germinal retroviral, que poseen una estructura proviral típica.

Objetivo del estudio:

• Crear un recurso completo que anote los dominios retrovirales conservados dentro de los retrovirus endógenos humanos (HERV).
• Evaluar la conservación estructural y la capacidad potencial de codificación de proteínas de los marcos de lectura abiertos (ORF) derivados de HERV.
• Proporcionar datos de acceso abierto que apoyen una mayor investigación sobre las funciones de HERV.

Principales métodos:

• Utilizado HMMER e InterProScan para la anotación de dominio a través de más de 120.000 HERV ORFs.
• Analizó los dominios retrovirales conservados, centrándose en los genes gag, pol y env.
• Conservación estructural del dominio cuantificado y motivos catalíticos identificados y características de transmembrana.

Principales resultados:

• Se identificaron más de 17.000 hits de dominio retroviral conservado, predominantemente dentro de los polgenos (transcriptasa inversa, RNasa H, proteasa).
• Descubrió un número sustancial de dominios similares a retrovirus de longitud completa en diversas familias de HERV, con cientos que muestran una cobertura de alineación >95%.
• La subfamilia HERVK (HML-2) exhibe la arquitectura poliproteínica más completa, y otras subfamilias también conservan dominios poli de longitud completa.

Conclusiones:

• Los HERV poseen un mayor potencial para codificar proteínas funcionales de lo que se reconocía anteriormente.
• El recurso anotado permite una interpretación funcional detallada de las proteínas HERV, incluidos los elementos catalíticos y estructurales.
• Este recurso de datos abiertos facilita la investigación posterior sobre las funciones de HERV en la inmunidad, las enfermedades y los procesos celulares.