Un flujo de trabajo de diseño de primer discriminativo permite la metabarcodificación selectiva, demostrada mediante...

Área de la Ciencia:

• Microbiología Microbiología.
• La bioinformática es la bioinformática.
• Ecología Molecular Ecología Molecular

Sus antecedentes:

• La metabarcodificación es vital para identificar múltiples especies en un entorno.
• La co-amplificación del ADN del huésped plantea un desafío significativo para el estudio de microbiomas asociados al huésped.
• Los métodos existentes luchan para amplificar selectivamente el ADN microbiano objetivo de muestras de huéspedes.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un flujo de trabajo computacional y una herramienta (mbc-prime) para el diseño de primers exclusivos de host.
• Para permitir la amplificación selectiva de los taxones objetivo mientras se excluye el ADN del huésped en los estudios de metabarcodificación.
• Facilitar el estudio de comunidades microbianas complejas asociadas al huésped.

Principales métodos:

• Desarrolló un flujo de trabajo de diseño de primer centrado en la herramienta computacional mbc-prime.
• mbc-prime genera y califica las primeras de candidatos discriminatorias.
• Aplicó el flujo de trabajo para diseñar los primers para la meta-codificación de larga lectura de hongos endofíticos en Vinca minor.

Principales resultados:

• Primeros específicos para hongos diseñados con éxito que excluyen el ADN vegetal.
• Amplificación demostrada eficiente y libre de plantas del ADNr de hongos a partir de muestras mixtas.
• mbc-prime agiliza el proceso de diseño del primer para la investigación del microbioma asociado al huésped.

Conclusiones:

• El flujo de trabajo desarrollado y la herramienta mbc-prime abordan efectivamente la coamplificación del ADN huésped en la metabarcodificación.
• Este enfoque permite un análisis preciso de microbiomas complejos asociados al huésped.
• El flujo de trabajo fácil de usar es ampliamente aplicable a la investigación del microbioma para el diseño de primeras discriminativas.