AlloPipe y su servidor web alogenómica: de los datos genómicos a los antígenos candidatos de histocompatibilidad...

Área de la Ciencia:

• Inmunología Inmunología.
• La bioinformática es la bioinformática.
• La genómica es la genómica.

Sus antecedentes:

• Los resultados del trasplante dependen de la compatibilidad del HLA.
• Los antígenos menores de histocompatibilidad (mHAgs) también impulsan la aloreactividad de las células T, particularmente en pares coincidentes de HLA.
• Los métodos actuales para la identificación de mHAgs se basan en datos limitados de genotipado, lo que dificulta el análisis imparcial de datos de secuenciación de exoma completo o de genoma completo.

Objetivo del estudio:

• Introducir AlloPipe, una nueva herramienta de bioinformática para la identificación imparcial de candidatos a mHAgs a partir de datos de secuenciación de próxima generación.
• Para permitir una aproximación precisa de la carga de mHAgs para aplicaciones clínicas.

Principales métodos:

• AlloPipe emplea un proceso de dos pasos: Allo-Count identifica los desajustes de aminoácidos, y Allo-Affinity predice la afinidad péptidica para las moléculas de HLA clase I.
• El software está diseñado para el procesamiento rápido de grandes conjuntos de datos en una infraestructura de computación modesta.

Principales resultados:

• AlloPipe identifica con precisión los desajustes direccionales de aminoácidos y reconstruye péptidos con su afinidad de unión de clase I HLA.
• La herramienta proporciona un marco de tiempo clínicamente relevante para la aproximación de mHAgs.

Conclusiones:

• AlloPipe facilita la integración de la aproximación de mHAgs en las decisiones clínicas, incluida la optimización de la terapia inmunosupresora y la selección de donantes.
• Este software de código abierto, disponible localmente y a través de una interfaz web, mejora la accesibilidad y la capacidad de acción de las predicciones de mHAgs en la práctica clínica.