Un genoma de referencia de la escala cromosómica de telómero a telómero casi por fases del árbol de argán marroquí

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Ciencias de las plantas Ciencias de las plantas.
• Biología de la Conservación Biología de la Conservación.

Sus antecedentes:

• El árbol de argán (Argania spinosa), originario de Marruecos, es crucial para su ecosistema y economía.
• Se necesita un genoma de referencia completo para apoyar los esfuerzos de investigación y conservación.

Objetivo del estudio:

• Para generar un genoma de referencia por fases a escala cromosómica de alta calidad para Argania spinosa.
• Proporcionar una sólida base genómica para la futura conservación de la genética, la cría y los estudios evolutivos.

Principales métodos:

• Utilizado PacBio HiFi largo lee para la secuenciación del genoma.
• Empleó andamios Hi-C para el ensamblaje a nivel de cromosomas.
• Se realizó la anotación genética y el análisis de repetición.

Principales resultados:

• Generó un ensamblaje de genoma por fases con dos haplotipos, cada uno organizado en 11 pseudocromosomas.
• Logró una alta calidad de ensamblaje con una integridad BUSCO >97% y Merqury QV de 75.
• Anotado 35.183 loci de genes y repeticiones identificadas que comprenden el 61,65% del genoma.

Conclusiones:

• El ensamblaje del genoma de calidad casi T2T proporciona un recurso genómico significativo para Argania spinosa.
• Los datos accesibles al público facilitarán la investigación en genética de la conservación, cría y evolución.
• Este trabajo establece una base para comprender la diversidad genética y mejorar el cultivo de árboles de argán.