rhinotypeR permite la asignación del genotipo del rinovirus reproducible a partir de las secuencias VP4/2

Área de la Ciencia:

• Virología Virología.
• La bioinformática es la bioinformática.
• Biología computacional Biología computacional.

Sus antecedentes:

• Los rinovirus (RV) son patógenos respiratorios comunes, pero su tipificación genética es inconsistente en todos los estudios.
• Los métodos actuales para el genotipado de RV están fragmentados, lo que dificulta la reproducibilidad y la escalabilidad.

Objetivo del estudio:

• Introducir rhinotypeR, un paquete R de código abierto para el genotipado estandarizado y automatizado de rinovirus.
• Proporcionar un flujo de trabajo reproducible y transparente para la vigilancia molecular de RVs.

Principales métodos:

• Desarrolló rhinotypeR, un paquete R que integra la alineación, el cálculo de la distancia, la asignación del genotipo y la visualización.
• Se aplicaron umbrales estandarizados y específicos de cada especie para la asignación del genotipo (10,5% para HRV-A/C, 9,5% para HRV-B).
• Valida el paquete utilizando un conjunto de datos que cubre más del 90% de los tipos conocidos de RV.

Principales resultados:

• rhinotypeR reprodujo con precisión las distancias genéticas con alta correlación (r=1.000, p=0.001) en comparación con las herramientas existentes.
• Se logró un 80% de acuerdo con las asignaciones de genotipos anteriores, con discrepancias principalmente cerca de los umbrales de clasificación.
• La carga viral (valores de Ct) no pareció generar discrepancias en la asignación.

Conclusiones:

• rhinotypeR ofrece un marco consolidado y automatizado para el genotipado consistente de rinovirus.
• El paquete mejora la reproducibilidad y la escalabilidad para la vigilancia molecular de RVs.
• rhinotypeR está disponible a través de Bioconductor para aplicaciones de investigación y salud pública.