Evaluación crítica del microbioma intratumoral y de bajo biomarcador mediante secuenciación de lectura larga

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• Genómica
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• La detección de ADN microbiano de bajo biomarcador en tejidos humanos es un desafío debido a la contaminación.
• Estudios previos debatieron la presencia de microbiomas en tejidos estériles como el cerebro y la placenta.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método confiable para distinguir el ADN microbiano genuino de la contaminación en tejidos humanos.
• Reevaluar la presencia de microbiomas residentes en diversos tejidos humanos.

Principales métodos:

• Se desarrolló la métrica Median Length-Adjusted (Median(L)adj), que normaliza la longitud de lectura microbiana a la longitud de lectura del huésped.
• Se utilizaron modelos de ratones germ-free con adición de bacterias y líneas celulares humanas para la validación.
• Se aplicó la métrica a diversas muestras de tumores y tejidos normales humanos.

Principales resultados:

• Los fragmentos de ADN microbiano genuino son significativamente más largos que los fragmentos de ADN contaminante.
• La métrica Median(L)adj diferencia eficazmente entre las señales reales del microbioma y la contaminación.
• Las señales del microbioma residente se detectaron principalmente en tejidos con exposición microbiana natural (por ejemplo, tracto gastrointestinal, piel).
• Los tejidos estériles (por ejemplo, cerebro, sangre, placenta) no mostraron evidencia de un microbioma residente.

Conclusiones:

• La longitud del fragmento de ADN es una métrica robusta para el control de calidad en el perfilado del microbioma de bajo biomarcador.
• Los hallazgos aclaran el debate sobre los microbiomas residentes en tejidos humanos estériles.
• Este marco fortalece la investigación futura sobre microbiomas residentes en tejidos.