Detección de nematodos en caracoles australianos mediante secuenciación de ARN

Área de la Ciencia:

• Parasitología
• Biología Molecular
• Bioseguridad

Sus antecedentes:

• Los caracoles se interceptan con frecuencia en los puntos de control fronterizo, lo que supone riesgos de bioseguridad debido a su posible condición de plaga y a su capacidad para portar parásitos.
• La identificación precisa de las especies de caracoles y sus parásitos asociados es crucial para una vigilancia eficaz de la bioseguridad y la evaluación de riesgos.
• Los métodos actuales de detección de parásitos tienen limitaciones, lo que hace necesario explorar enfoques complementarios.

Objetivo del estudio:

• Evaluar la secuenciación de ARN (RNA-seq) como método complementario para detectar parásitos nematodos en tejidos enteros de caracoles.
• Desarrollar y validar un protocolo modificado de extracción de ARN y un flujo de trabajo bioinformático para la vigilancia de parásitos en caracoles.
• Evaluar la viabilidad de la RNA-seq para identificar parásitos en caracoles terrestres nativos e introducidos relevantes para la bioseguridad australiana.

Principales métodos:

• Se desarrolló un protocolo modificado de extracción de ARN para procesar tejidos enteros de caracoles.
• Se realizó una secuenciación de ARN (RNA-seq) en un conjunto de datos de caracoles terrestres nativos e introducidos (n=60) recolectados cerca de puertos australianos.
• El análisis bioinformático incluyó la alineación de secuencias contra bases de datos de nematodos curadas (18S NemaBase) y bases de datos amplias (NCBInt) para garantizar una identificación precisa.

Principales resultados:

• Se identificaron con éxito secuencias de ARN del nematodo Caenorhabditis briggsae dentro de la especie introducida de caracol Paropeas achatinaceum.
• Se detectaron secuencias candidatas para otros nematodos, pero análisis posteriores utilizando bases de datos amplias revelaron que se trataba de probables identificaciones erróneas.
• El estudio demostró la utilidad de la RNA-seq para la detección de parásitos en caracoles de lugares y especies relevantes para la bioseguridad.

Conclusiones:

• La RNA-seq ofrece un enfoque complementario prometedor para la vigilancia de parásitos en caracoles, contribuyendo a los esfuerzos de bioseguridad.
• Se destacó la importancia de utilizar bases de datos de referencia curadas y de alta calidad junto con bases de datos amplias para una identificación precisa de especies en la vigilancia molecular.
• Este estudio de prueba de concepto valida el método de RNA-seq para detectar parásitos en caracoles en lugares críticos para la vigilancia de la bioseguridad.