Caracterización de las condiciones de procesamiento que sesgan artefactualmente los transcriptomas del tejido...

Área de la Ciencia:

• Neurociencia
• Genómica
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• El tejido cerebral de autopsia es vital para la investigación neurobiológica.
• El manejo post mortem introduce artefactos transcriptómicos, lo que complica la interpretación de los datos.
• Se necesitan métodos estandarizados para tener en cuenta la degradación del tejido a lo largo del tiempo y las variaciones de temperatura.

Objetivo del estudio:

• Caracterizar los cambios transcriptómicos en el tejido cerebral humano en función de los intervalos post mortem (PMI).
• Identificar y definir genes que responden a artefactos, denominados Genes de Artefacto Cerebral (BAGs).
• Desarrollar una firma predictiva (TTRUTH) para cuantificar los efectos del procesamiento en los datos de RNA-seq del cerebro.

Principales métodos:

• Se compararon las firmas transcriptómicas del tejido cerebral extraído inmediatamente con intervalos post mortem (PMI) cortos (~6h) y largos (~36h).
• Se mapearon las firmas de genes artefactuales en datos de RNA-seq de un solo núcleo.
• Se utilizó aprendizaje profundo para crear la firma predictiva TTRUTH.

Principales resultados:

• Se observaron desviaciones significativas en la firma génica (BAGs) tanto en intervalos post mortem (PMI) cortos como largos en comparación con la extracción inmediata.
• Las neuronas glutamatérgicas mostraron una inducción temprana de genes artefactuales, seguida de oligodendrocitos.
• La firma TTRUTH cuantifica eficazmente la heterogeneidad transcripcional relacionada con el procesamiento.

Conclusiones:

• El tiempo y la temperatura post mortem impactan significativamente los datos transcriptómicos del cerebro.
• La firma TTRUTH proporciona una herramienta para estandarizar e interpretar conjuntos de datos de RNA-seq cerebral derivados de autopsias.
• Este trabajo mejora la confiabilidad de los datos para la investigación neurobiológica y la estratificación de muestras.