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Updated: Feb 20, 2026

De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

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Published on: February 18, 2022

Cell Lines CoCoPUTs: Una base de datos de frecuencias de uso de codones y pares de codones en líneas celulares

Nigam Padhiar¹, Nathan Clement¹, Upendra Katneni¹

¹Office of Therapeutic Products (OTP), Center for Biologics Evaluation and Research (CBER), US Food and Drug Administration (US FDA), Silver Spring, MD, USA.

Journal of molecular biology

|February 18, 2026

Resumen

Presentamos Cell Lines CoCoPUTs, un recurso que detalla el uso de codones en 1866 líneas celulares. El análisis revela que las líneas celulares se agrupan más por origen que por enfermedad, y el uso de codones ofrece comparaciones sólidas.

Área de la Ciencia:

Genómica
Bioinformática
Biología Celular

Sus antecedentes:

Las líneas celulares son cruciales para la investigación biológica, el descubrimiento de fármacos y la producción de biológicos.
La comprensión de las características de las líneas celulares ayuda en la interpretación de datos y el diseño experimental.

Objetivo del estudio:

Presentar Cell Lines CoCoPUTs, una base de datos integral de uso de codones y pares de codones ponderado transcriptómicamente para 1866 líneas celulares.
Analizar los patrones de uso de codones en diferentes bases de datos de líneas celulares e investigar la agrupación basada en el origen y el fenotipo de la enfermedad.

Principales métodos:

Se compilaron datos de uso de codones y pares de codones para 1866 líneas celulares de las bases de datos COSMIC, CCLE y HPA.
Se aplicó aprendizaje automático no supervisado (agrupación jerárquica y espectral) para analizar el uso de codones en 1355 líneas celulares no metastásicas.
Se realizaron comparaciones basadas en la distancia del uso de codones frente al uso de pares de codones.

Principales resultados:

Se observaron distribuciones de uso de codones ampliamente similares en líneas celulares superpuestas de diferentes bases de datos, a pesar de las variaciones en las fuentes de datos y las plataformas de análisis (microarray frente a RNA-SEQ).
La agrupación no supervisada reveló agrupaciones más distintas basadas en el uso de pares de codones en comparación con el uso de codones para líneas celulares no metastásicas.
El análisis basado en la distancia indicó que el uso de codones proporciona distancias dentro del grupo comparables o menores que el uso de pares de codones.
Las líneas celulares demostraron una relación más estrecha con su tejido de origen que con su fenotipo de enfermedad.

Conclusiones:

Cell Lines CoCoPUTs proporciona un recurso valioso para analizar el uso de codones en diversas líneas celulares.
Los patrones de uso de codones pueden distinguir eficazmente las líneas celulares, siendo el origen un determinante más fuerte que el fenotipo de la enfermedad.
Los hallazgos resaltan la utilidad del análisis del uso de codones en la caracterización de líneas celulares y la genómica comparativa.

Palabras clave:

Cell Lines CoCoPUTs Uso de codones Uso de pares de codones Uso de dinucleótidos y datos de líneas celulares ponderados transcriptómicamente

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