Detectar linajes "invisibles" de Phytophthora en datos de secuenciación disponibles públicamente

Área de la Ciencia:

• Microbiología Microbiología.
• La genómica es la genómica.
• La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

• Los métodos de cultivo y amplificación del ADN crean sesgos, limitando nuestra comprensión de la diversidad eucariota microbiana.
• Muchos linajes microbianos son linajes
• Es decir, el invisible invisible invisible.
• debido a los desafíos en el cultivo o el desarrollo de primeras para el metabarcoding universal.

Objetivo del estudio:

• Introducir una nueva tubería para el ensamblaje dirigido de secuencias de espaciadores transcritos internos (ITS) a partir de datos genómicos y metagenómicos.
• Mejorar la sensibilidad y precisión del ensamblaje de secuencias microbianas en comparación con el software existente.
• Examinar conjuntos de datos públicos de secuenciación para el género de fitopatógenos Phytophthora y descubrir nuevos eucariotas microbianos.

Principales métodos:

• Desarrolló una nueva tubería (denim) para el ensamblaje dirigido de secuencias ITS de genomas y metagenomas.
• Analizó 104 conjuntos de datos públicos de secuenciación para identificar y ensamblar secuencias ITS eucarióticas.
• Conjuntos de datos examinados para el género Phytophthora y otros linajes microbianos.

Principales resultados:

• Se ensamblaron con éxito 733 secuencias completas ITS, 1626 ITS1 y 2191 ITS2 de diversos linajes eucariotas.
• Reunió las secuencias de Phytophthora ITS de especies conocidas y taxones distantes identificados.
• Se detectaron posibles nuevas interacciones patógeno-huésped con implicaciones para la agricultura y la salud.

Conclusiones:

• La nueva tubería efectivamente descubre y detecta.
• Es decir, el invisible invisible invisible.
• microbios, expandiendo la diversidad eucariota microbiana conocida.
• Permite la detección y el monitoreo de nuevas interacciones huésped-micróbio y la caracterización de la distribución geográfica microbiana.
• Ofrece una herramienta valiosa para la investigación agrícola y relacionada con la salud mediante la identificación de patógenos vegetales y sus interacciones.