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Updated: Feb 23, 2026

Leveraging CyVerse Resources for De Novo Comparative Transcriptomics of Underserved Non-model Organisms

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Published on: May 9, 2017

De novo ensamblaje de transcriptoma del abeto marroquí, Abies marocana Trab

Belén Méndez-Cea¹, Isabel García-García², Manuel Pavesio-Toledano³

¹Dpto de Sistemas Físicos, Químicos y Naturales, Universidad Pablo de Olavide, 41013, Sevilla, Spain.

Scientific data

|February 21, 2026

Resumen

Los investigadores crearon el primer transcriptoma completo para el abeto marroquí en peligro de extinción (Abies marocana Trab.). Este recurso genético vital ayuda a la conservación y la investigación futura de esta conífera única.

Área de la Ciencia:

Botánica La botánica es la botánica.
La genómica es la genómica.
Biología de la Conservación Biología de la Conservación.

Sus antecedentes:

El abeto marroquí (Abies marocana Trab.) es una especie de coníferas en peligro de extinción endémica de las montañas del Rif occidental.
Importancia ecológica y económica significativa, sin embargo, la falta de datos transcriptómicos obstaculiza la investigación y la conservación.
Estudios anteriores no han proporcionado una base genómica para la comprensión de los mecanismos adaptativos de A. marocana.

Objetivo del estudio:

Para generar el primer ensamblaje de transcriptoma de novo para Abies marocana.
Proporcionar un recurso genómico completo para A. marocana utilizando diversos tejidos y condiciones de estrés.
Facilitar futuras investigaciones genéticas y estrategias de conservación para esta especie vulnerable.

Principales métodos:

Se realizó la secuenciación de ARN (RNA-seq) en tejidos de hojas, tallos y raíces.
Los tejidos estuvieron expuestos a varios factores de estrés ambiental, incluyendo sequía, calor, frío, hormonas y daño físico.
Se emplearon tecnologías de secuenciación de lectura corta y larga para un ensamblaje completo del transcriptoma.

Principales resultados:

Se generó con éxito un ensamblaje de transcriptoma de alta calidad de novo para A. marocana.
El ensamblaje logró una integridad del 92,1% (BUSCO) con 279.439 transcripciones.
Aproximadamente el 45,2% de las transcripciones ensambladas fueron anotadas funcionalmente, proporcionando información sobre las funciones de los genes.

Conclusiones:

El transcriptoma generado es un recurso valioso para el avance de la investigación genética en Abies marocana.
Estos datos genómicos apoyarán significativamente los esfuerzos de conservación de la especie marroquí en peligro de extinción.
El estudio establece una base para comprender la base genética de las respuestas al estrés en esta conífera endémica.

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