VIPerturb-seq: una plataforma escalable para el cribado CRISPR y la secuenciación de células únicas, que mejora el...

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Molecular
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• El cribado CRISPR acoplado a secuenciación de células únicas (Perturb-seq) mapea las perturbaciones genéticas a fenotipos moleculares.
• Los métodos actuales de Perturb-seq enfrentan limitaciones de costo y rendimiento para cribados a nivel de genoma.

Objetivo del estudio:

• Presentar VIPerturb-seq, una plataforma para Perturb-seq de rutina y rentable a nivel de genoma.
• Mejorar la escalabilidad y la eficiencia de los cribados genéticos a gran escala.

Principales métodos:

• Se desarrolló una estrategia de sondas divididas para detectar bibliotecas CRISPR a nivel de genoma en células fijadas.
• Se integró el enriquecimiento fenotípico opcional para Perturbaciones Muy Importantes (VIP).
• Se habilitó la indexación combinatoria para un aumento de 50 veces en el rendimiento de Perturb-seq.

Principales resultados:

• Se demostró VIPerturb-seq utilizando la biblioteca CRISPRi a nivel de genoma (GuEST-List).
• Se realizaron con éxito cribados genómicos, tanto no sesgados como enriquecidos fenotípicamente.
• Se validó la sensibilidad, escalabilidad y eficiencia de la plataforma VIPerturb-seq.

Conclusiones:

• VIPerturb-seq facilita los experimentos de rutina de Perturb-seq a nivel de genoma.
• La plataforma admite tanto la investigación dirigida como la generación de datos a gran escala para la construcción de células virtuales.
• VIPerturb-seq avanza significativamente la capacidad de análisis integral de perturbaciones genéticas.