Dinámica temporal de las comunidades microbianas en pilas de compostaje urbano durante el proceso de calor

Área de la Ciencia:

• Microbiología ambiental
• Ciencia de la seguridad alimentaria
• Tecnología de compostaje

Sus antecedentes:

• El compostaje urbano es crucial para la salud del suelo, pero plantea preocupaciones de seguridad alimentaria debido a la proximidad a comunidades y granjas.
• Comprender la dinámica microbiana durante el compostaje es esencial para mitigar peligros potenciales.

Objetivo del estudio:

• Perfilar la dinámica temporal del microbioma durante un ciclo de compostaje térmico urbano de 6 semanas.
• Evaluar el impacto del compostaje en la composición de nutrientes, el pH y la sucesión microbiana.
• Identificar y caracterizar genes de resistencia a los antimicrobianos y bacterias asociadas a la transmisión alimentaria, así como bacteriófagos.

Principales métodos:

• Se empleó análisis fisicoquímico pareado y metagenómica de lectura larga.
• Muestreo temporal a lo largo de un ciclo de compostaje de 6 semanas.
• Análisis bioinformático de datos metagenómicos, incluida la identificación de bacteriófagos.

Principales resultados:

• La composición de nutrientes y el pH cambiaron con la edad del compost, correlacionándose con la sucesión microbiana de taxones mesófilos a termotolerantes.
• Los genes de resistencia a los antimicrobianos y los géneros de transmisión alimentaria estuvieron presentes al principio, pero se redujeron durante la fase termofílica.
• Se identificó una amplia gama de posibles bacteriófagos, incluidos genomas completos relacionados con bacterias transmitidas por los alimentos, y su abundancia se correlacionó con las bacterias hospedadoras.

Conclusiones:

• El compostaje termofílico es una estrategia de mitigación eficaz para los peligros microbiológicos en los sistemas de compostaje urbano.
• Las pilas de compost sirven como una fuente valiosa para el descubrimiento de nuevos fagos líticos con aplicaciones potenciales en el control de patógenos transmitidos por los alimentos.