ST-Analyzer: Una interfaz web y de línea de comandos empaquetada para el análisis de trayectorias de simulación

Área de la Ciencia:

• Química computacional y simulaciones de dinámica molecular.
• Bioinformática y biología computacional.

Sus antecedentes:

• La computación de alto rendimiento genera grandes conjuntos de datos de simulación, lo que plantea desafíos para el análisis reproducible.
• Los ecosistemas de software diversos y en rápida evolución complican el análisis de datos y obstaculizan la reproducibilidad.
• La extracción de información científica requiere experiencia en métodos computacionales más allá del propio sistema molecular.

Objetivo del estudio:

• Presentar ST-Analyzer, un conjunto de software de código abierto para el análisis de trayectorias de simulación.
• Proporcionar interfaces de usuario de línea de comandos (CLI) y gráficas (GUI) para la accesibilidad.
• Facilitar la obtención de información científica reproducible a partir de simulaciones de dinámica molecular.

Principales métodos:

• Desarrolló ST-Analyzer como un paquete gratuito de código abierto de conda-forge.
• Implementó tanto la CLI como la GUI para la interacción del usuario.
• Aseguró la compatibilidad multiplataforma (macOS, Linux, Windows a través de WSL2).
• La GUI proporciona a los usuarios los comandos exactos de la CLI para las tareas.

Principales resultados:

• ST-Analyzer reproduce con éxito los resultados de estudios publicados sobre biomembranas e interacciones proteína-anticuerpo viral.
• Demostró la utilidad de la herramienta para tareas de análisis comunes.
• Validó la capacidad de la GUI para guiar a los usuarios hacia la ejecución de comandos de la CLI.

Conclusiones:

• ST-Analyzer mejora la accesibilidad y la reproducibilidad del análisis de trayectorias de simulación.
• La herramienta sirve tanto a usuarios expertos que necesitan una configuración de tareas eficiente como a no expertos que buscan un aprendizaje guiado.
• La disponibilidad de código abierto y el soporte multiplataforma promueven una adopción más amplia en la investigación computacional.