Mapeo sistemático de estados transcripcionales emergentes en díadas de células únicas interactuantes mediante...

Área de la Ciencia:

• Genómica de células únicas
• Biología de la interacción celular
• Inmunogenómica

Sus antecedentes:

• Los métodos transcriptómicos estándar pierden la identidad del par de células y el momento de la interacción.
• La inferencia de la comunicación celular a partir de la coexpresión de ligandos y receptores es indirecta.
• La comprensión de las interacciones dinámicas entre células es crucial para los procesos biológicos.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un flujo de trabajo escalable para perfilar pares de células definidos (díadas) con resolución transcriptómica de células únicas.
• Capturar y analizar programas transitorios de expresión génica en células interactuantes.
• Permitir la identificación robusta de la expresión génica inducida por la interacción y la coordinación intercelular.

Principales métodos:

• Flujo de trabajo Cell-Cell-seq que utiliza Nanoviales para el confinamiento y la sincronización de pares de células.
• Secuenciación de ARN basada en gotas de díadas celulares definidas.
• Marco de pseudo-mezcla para identificar genes emergentes y respuestas resueltas por socio.
• Herramienta ccRepair para corregir la dilución composicional en transcriptomas mixtos.

Principales resultados:

• Se capturaron miles de díadas de tumores y células T, revelando una heterogeneidad significativa en los perfiles funcionales y transcripcionales.
• Se desvelaron programas de activación transitorios, oscurecidos en ensayos de volumen.
• Identificación estadísticamente robusta de genes emergentes y atribución de respuestas a socios específicos.
• Descubrimiento de programas coordinados entre células, incluida la expresión acoplada de quimiocinas y el acoplamiento inverso entre los programas de tumores y células T.

Conclusiones:

• Cell-Cell-seq es una plataforma generalizable para diseccionar la biología de la sinapsis inmune y mapear programas dependientes de la interacción.
• El método proporciona información sobre la comunicación tumor-inmune y facilita el cribado funcional de inmunoterapias.
• Cell-Cell-seq supera las limitaciones de los métodos existentes, permitiendo una comprensión más profunda de las interacciones celulares dinámicas.