Comparación de secuencias CRISPR en arqueas y bacterias con microARNs eucariotas

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Microbiología
• Bioinformática

Sus antecedentes:

• Explora secuencias repetitivas de repeticiones palindrómicas cortas agrupadas e interespaciadas regularmente (CRISPR) de arqueas (Acidianus sp., A. ambivalens) y bacterias (Yersinia ruckeri).
• Compara secuencias CRISPR procariotas con secuencias de microARNs (miARNs) humanos para identificar similitudes genéticas y posibles asociaciones con enfermedades.

Objetivo del estudio:

• Investigar similitudes genéticas potenciales entre las secuencias CRISPR procariotas y los miARNs humanos.
• Explorar posibles vínculos entre estas similitudes y las asociaciones con enfermedades humanas.

Principales métodos:

• Se recuperaron secuencias CRISPR de la base de datos CRISPR/Cas++ y secuencias de miARNs humanos de miRBase.
• Se realizaron alineaciones de secuencias utilizando BLASTn (umbral de valor E de 1e-5) para identificar similitudes significativas.
• Se identificaron genes asociados con miARNs humanos coincidentes utilizando las bases de datos HGNC y GeneCards; se compararon con miARNs asociados a enfermedades.

Principales resultados:

• Se identificaron similitudes entre las secuencias CRISPR de Y. ruckeri y los miARNs vinculados a genes asociados con el cáncer de pulmón y las distrofias musculares (p. ej., FOXO1, PTEN).
• Se encontraron similitudes en A. ambivalens con miARNs correspondientes a loci potencialmente vinculados al adenocarcinoma periemboólico y la preeclampsia (p. ej., CHM13, GRCh38).
• Se observaron coincidencias para Acidianus sp. con miARNs implicados en la artritis psoriásica, la enfermedad de Alzheimer, el carcinoma hepatocelular y la enfermedad de las arterias coronarias (p. ej., Irak2, NOS2).

Conclusiones:

• Las secuencias CRISPR de procariotas exhiben similitudes notables con los miARNs humanos.
• Sugiere posibles vínculos indirectos entre las secuencias CRISPR procariotas y los genes implicados en enfermedades humanas significativas.
• Destaca la necesidad de una mayor investigación sobre los motivos de secuencia compartidos y sus funciones en las interacciones huésped-patógeno o en la biología evolutiva.