Un ensamblaje de genoma a nivel cromosómico de alta calidad de Gynostemma guangxiense (Cucurbitaceae)

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Ciencias de las plantas Ciencias de las plantas.
• Botánica medicinal de las plantas.

Sus antecedentes:

• Gynostemma guangxiense es una planta endémica china de la familia Cucurbitaceae con un potencial medicinal y de salud significativo.
• Comprender su composición genética es crucial para su conservación y utilización.

Objetivo del estudio:

• Para generar un ensamblaje de genoma a nivel cromosómico de alta calidad para Gynostemma guangxiense.
• Proporcionar un recurso fundamental para la investigación de la evolución adaptativa de la planta, la conservación genética y las aplicaciones medicinales.

Principales métodos:

• Integración de las tecnologías Illumina de lectura corta, PacBio HiFi de lectura larga, Hi-C y RNA-Seq.
• Anclaje y andamiaje de cromosomas para construir 11 pseudocromosomas.

Principales resultados:

• Un ensamblaje de genoma de 565.18 Mb anclado a 11 pseudocromosomas con un andamio N50 de 52.63 Mb.
• Alta integridad de ensamblaje (98.00% BUSCO) y identificación de 27.527 genes codificadores de proteínas (97.75% con anotaciones funcionales).

Conclusiones:

• El genoma a nivel cromosómico de G. guangxiense ya está disponible.
• Este recurso facilitará la investigación sobre la evolución, la conservación y el desarrollo de las propiedades medicinales de Gynostemma.