El análisis de metatranscriptómica revela el viroma del algodón en el sur de los Estados Unidos

Área de la Ciencia:

• Virología vegetal Virología vegetal.
• La genómica es la genómica.
• Ciencias agrícolas Ciencias agrícolas.

Sus antecedentes:

• La secuenciación de alto rendimiento (HTS) ha revolucionado el estudio de la distribución y diversidad de los virus vegetales.
• La disminución de los costos y la mejora de las tecnologías HTS facilitan el descubrimiento de nuevos virus vegetales en muestras de campo.

Objetivo del estudio:

• Para investigar el viroma de muestras de algodón del sur de los Estados Unidos.
• Para identificar virus vegetales conocidos y nuevos que co-infectan el algodón.
• Comprender la diversidad de los virus del algodón y los posibles impactos de las coinfecciones.

Principales métodos:

• Colección de muestras de hojas de algodón de campos del sur de los Estados Unidos.
• Extracción de ARN y preparación de bibliotecas a partir de muestras agrupadas.
• Secuenciación utilizando la plataforma Illumina, seguida de mapeo al genoma de referencia del algodón y ensamblaje de novo.
• Análisis metatranscriptómico para identificar secuencias virales.

Principales resultados:

• Se detectaron contigs completos del genoma del virus enano de la hoja de algodón en todas las muestras.
• Se descubrió que veintinueve familias putativas de virus vegetales de ARN y ADN co-infectan el algodón.
• Siete familias de virus de ARN (Botourmiaviridae, Hypoviridae, Mitoviridae, Narnaviridae, Partitiviridae, Solemoviridae y Totiviridae) fueron prevalentes en todas las ubicaciones muestreadas.

Conclusiones:

• El estudio proporciona una visión general completa de la diversidad del virus del algodón en el sur de los Estados Unidos.
• Las coinfecciones con múltiples virus son comunes en el algodón.
• Se necesita más investigación para determinar el impacto de estas coinfecciones en la fisiología, el rendimiento y la calidad del algodón.