CtGAP 2.0: ensamblaje genómico mejorado, resolución de cepas y filogenómica para *Chlamydia trachomatis*

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• Bioinformática
• Genómica

Sus antecedentes:

• El ensamblaje genómico preciso es crucial para comprender patógenos bacterianos como *Chlamydia trachomatis*.
• Las versiones anteriores de los pipelines de ensamblaje genómico requerían instalaciones complejas y evaluaciones de calidad manuales.
• La integración de varios pasos analíticos optimiza el flujo de trabajo de investigación.

Objetivo del estudio:

• Presentar CtGAP 2.0, un pipeline mejorado para el ensamblaje del genoma de *Chlamydia trachomatis*.
• Mejorar la experiencia del usuario a través de una instalación simplificada y una interfaz de línea de comandos optimizada.
• Incorporar la puntuación automática de calidad, la selección y las funcionalidades de tipificación para cromosomas y plásmidos.

Principales métodos:

• Desarrollo de un proceso de instalación unificado, que elimina la dependencia de múltiples herramientas independientes.
• Implementación de una interfaz de línea de comandos fácil de usar para una operación eficiente.
• Integración de algoritmos para la puntuación automática de la calidad del ensamblaje, la selección, la tipificación de cromosomas y plásmidos, y el análisis filogenómico.

Principales resultados:

• CtGAP 2.0 ofrece una instalación sin problemas y una experiencia de usuario optimizada.
• El pipeline proporciona evaluación y selección automatizadas de la calidad de los ensamblajes genómicos.
• La tipificación integrada de cromosomas y plásmidos, junto con la filogenómica, mejora las capacidades analíticas.

Conclusiones:

• CtGAP 2.0 representa un avance significativo en el análisis genómico de *Chlamydia trachomatis*.
• Las características mejoradas facilitan una investigación posterior más eficiente e integral.
• Esta herramienta apoya una mejor comprensión de la evolución y epidemiología de *Chlamydia trachomatis*.