Evaluación comparativa de flujos de trabajo de secuenciación de SNP para la identificación de los desaparecidos en...

Área de la Ciencia:

• Ciencias Forenses
• Genética
• Biología Molecular

Sus antecedentes:

• Cientos de miles de restos del conflicto de Vietnam permanecen sin identificar.
• La identificación del ADN se ve obstaculizada por la degradación del ADN, la contaminación microbiana y la dependencia de familiares lejanos para obtener muestras de referencia.
• El ADN mitocondrial carece del poder discriminatorio para la identificación a gran escala, y el perfil estándar de repetición corta (STR) no es factible para muestras degradadas.

Objetivo del estudio:

• Comparar directamente tres flujos de trabajo de secuenciación de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) dirigidos para la identificación de restos esqueléticos vietnamitas altamente degradados.
• Evaluar el rendimiento de los paneles de SNP (MPSplex y FORCE) con diferentes métodos de preparación de librerías (QIAseq e hibridación por captura).

Principales métodos:

• Se procesaron quince muestras de hueso de restos vietnamitas no identificados utilizando tres flujos de trabajo: MPSplex-QIAseq, FORCE-QIAseq y FORCE-Capture.
• Se utilizaron genotipos de referencia familiares simulados para estimar el poder de identificación teórica y el rendimiento del flujo de trabajo.
• Se empleó la secuenciación de próxima generación (NGS) dirigida a miles de SNP.

Principales resultados:

• Los tres flujos de trabajo produjeron perfiles de SNP que teóricamente respaldan la identificación con familiares hasta el cuarto grado.
• El flujo de trabajo FORCE-Capture demostró el mayor rendimiento en la recuperación de SNP y el poder de identificación teórica.
• MPSplex-QIAseq mostró una recuperación de SNP comparable a FORCE-Capture, pero los objetivos de SNP más grandes del panel FORCE resultaron ventajosos.

Conclusiones:

• La secuenciación de SNP dirigida, junto con una preparación de librerías optimizada, es una estrategia viable para identificar personas desaparecidas en Vietnam.
• El flujo de trabajo FORCE-Capture exhibió un rendimiento superior para la identificación de restos esqueléticos vietnamitas degradados.
• Los avances en las tecnologías de secuenciación de SNP son cruciales para abordar el desafío de los restos no identificados de conflictos pasados.