Análisis transcriptómico in silico para el descubrimiento de biomarcadores en coinfección TB y VIH

Área de la Ciencia:

• Enfermedades Infecciosas; Genómica; Biología Computacional

Sus antecedentes:

• La tuberculosis (TB) y el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) son preocupaciones importantes de salud mundial, que coexisten con frecuencia y empeoran los resultados de los pacientes.; La meningitis tuberculosa (TBM) representa la forma más grave de TB, lo que aumenta la carga de la enfermedad.; La identificación de biomarcadores fiables es fundamental para el diagnóstico precoz, el seguimiento de la progresión de la enfermedad y el desarrollo de tratamientos dirigidos.

Objetivo del estudio:

• Emplear un enfoque in-silico integrado para analizar la expresión génica en TB, VIH y TBM.; Identificar biomarcadores novedosos y establecidos para la detección temprana y el seguimiento de estas infecciones.; Obtener información sobre los mecanismos moleculares subyacentes a la TB, el VIH y la TBM.

Principales métodos:

• Se utilizaron conjuntos de datos de expresión génica de la base de datos NCBI GEO (GSE165708, GSE111459).; Se realizó un análisis diferencial de la expresión génica (DEGs) utilizando R y Bioconductor.; Se llevó a cabo un análisis de enriquecimiento funcional (GO, KEGG) y se construyeron redes de coexpresión génica para identificar genes clave.

Principales resultados:

• Se identificaron candidatos a biomarcadores novedosos (p. ej., DDX58, IFIH1, IFIT3, ISG15, MX1, RSAD2, IFI44, CD8A, IL2RB, LCK) en MTB, VIH, VIH-MTB y TBM.; Se validaron biomarcadores inmunitarios establecidos (p. ej., TNF, STAT1, IRF1, IRF7, IL1B, CD4, TLR2, CD28).; Se destacaron las funciones de estos biomarcadores en la modulación inmunitaria asociada a la infección.

Conclusiones:

• Los métodos in-silico identifican eficazmente biomarcadores novedosos y conocidos para la TB y el VIH.; Los hallazgos ofrecen información sobre los mecanismos moleculares de estas complejas infecciones.; Proporciona un marco para la validación experimental y la medicina de precisión a través de la estratificación molecular.