Paisajes de accesibilidad de la cromatina definen identidades celulares estromales en todos los tejidos

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Epigenética
• Biología Celular

Sus antecedentes:

• La accesibilidad de la cromatina es vital para la regulación génica y la identidad celular.
• La secuenciación de ARN de célula única ha avanzado la transcriptómica, pero la dinámica de la cromatina en todos los tejidos necesita una mayor exploración.

Objetivo del estudio:

• Crear un atlas integral de accesibilidad de la cromatina en diversos tejidos murinos.
• Identificar tipos celulares y elementos reguladores que definen paisajes epigenómicos específicos de tejido y célula.
• Investigar el potencial de la accesibilidad de la cromatina para rastrear los orígenes celulares.

Principales métodos:

• Se realizó la secuenciación de ATAC de cromatina accesible de transposición en célula única (scATAC-seq) en 51,248 células de nueve tejidos de ratón.
• El análisis de datos incluyó la identificación de tipos celulares, la caracterización de elementos reguladores cis y la realización de análisis de enriquecimiento de motivos.
• Se utilizó un enfoque de metacélulas para definir módulos de cromatina específicos de tejido.

Principales resultados:

• Se identificaron 28 tipos celulares principales con distintas firmas de accesibilidad de la cromatina en todos los tejidos.
• Se descubrieron elementos reguladores cis conservados y específicos de tejido, así como motivos de factores de transcripción asociados.
• Se demostró que los perfiles de accesibilidad de la cromatina pueden rastrear las células estromales (células endoteliales, fibroblastos, macrófagos) hasta su tejido de origen.
• Se revelaron módulos de cromatina específicos que reflejan paisajes epigenómicos específicos de tejido.

Conclusiones:

• Este estudio proporciona un valioso atlas de accesibilidad de la cromatina en tejidos murinos, iluminando la arquitectura regulatoria.
• Las firmas de accesibilidad de la cromatina son determinantes clave de la especificidad del tipo celular y del tejido.
• La capacidad de rastrear los orígenes celulares a través de perfiles de cromatina tiene implicaciones significativas para el diagnóstico y la terapéutica de enfermedades.