Video Experimental Relacionado
Updated: May 6, 2026
Quantification of Site-specific Protein Lysine Acetylation and Succinylation Stoichiometry Using Data-independent Acquisition Mass Spectrometry
Published on: April 4, 2018
Evaluación sistemática de flujos de trabajo de adquisición independiente de datos para análisis de proteómica de alto
Zhichang Yang1, Taylur P Ma1, Meena Choi1
1Department of Proteomic & Genomic Technologies, Translational Genomics and Proteomics Center, Genentech Inc., South San Francisco, California 94080, United States.
La optimización de la espectrometría de masas para muestras de baja entrada requiere una cuidadosa selección del flujo de trabajo. Un flujo de trabajo preferido de espectrometría de masas de adquisición independiente de datos (DIA-MS) mejora la precisión y la cobertura del perfilado del proteoma para análisis biológicos sensibles.
Área de la Ciencia:
- Proteómica
- Espectrometría de masas
- Biotecnología
Sus antecedentes:
- Creciente demanda de espectrometría de masas (MS) de alto rendimiento y alta sensibilidad para muestras de baja entrada.
- La adquisición independiente de datos MS (DIA-MS) con cromatografía líquida (LC) de gradiente corto muestra una gran promesa para una profunda cobertura del proteoma.
- Falta de flujos de trabajo informáticos óptimos establecidos para la cuantificación DIA-MS de baja entrada.
Objetivo del estudio:
- Evaluar sistemáticamente los factores que influyen en los flujos de trabajo DIA-MS de baja entrada.
- Identificar parámetros óptimos para la cobertura del proteoma, la precisión de la cuantificación y la precisión.
- Proporcionar un consenso sobre los flujos de trabajo informáticos para datos cuantitativos de alta calidad.
Principales métodos:
- Evaluación de parámetros de adquisición de MS, software de análisis de datos (DIA-NN, Spectronaut, FragPipe) y longitudes de gradiente LC.
- Pruebas sistemáticas en muestras de proteoma de tres especies (0.1 ng a 10 ng de entrada).
- Enfoque en la cobertura del proteoma, la precisión de la cuantificación y la precisión utilizando relaciones de cantidad predefinidas.
Principales resultados:
- Se identificó un flujo de trabajo DIA preferido para muestras de baja entrada.
- El flujo de trabajo recomendado incluye la interfaz FAIMS y la búsqueda sin biblioteca DIA-NN con coincidencia entre ejecuciones (MBR).
- Se sugiere la cuantificación de proteínas a nivel MS1 utilizando el algoritmo maxLFQ.
Conclusiones:
- El flujo de trabajo DIA optimizado mejora significativamente el perfilado proteómico de muestras de baja entrada.
- Este estudio proporciona una guía crucial para investigadores en campos que requieren análisis proteómico sensible.
- Los hallazgos contribuyen a establecer las mejores prácticas para DIA-MS en aplicaciones biológicas de baja entrada.
