Un ensayo de PCR digital para la cuantificación de la fracción fetal mediante la detección multiplex de SNP y el...

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular
• Genética
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• La cuantificación de la fracción fetal (FF) es crucial para el cribado prenatal no invasivo utilizando ADN libre de células.
• Los métodos de FF existentes (cromosoma Y, metilación, SNPs) tienen limitaciones como la dependencia del sexo y requisitos complejos.
• Se necesita un método de cuantificación de FF optimizado e integrado con PCR digital (dPCR) para uso clínico.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un novedoso ensayo multiplex de dPCR para la cuantificación de FF independiente del sexo.
• Superar las limitaciones de los métodos actuales de estimación de FF en el diagnóstico prenatal.

Principales métodos:

• Se desarrolló un ensayo multiplex de dPCR que cuantifica 9 SNPs autosómicos y 3 loci del cromosoma Y (chrY).
• Se empleó un diseño de una sola sonda y doble alelo para la estimación independiente del sexo sin genotipado parental.
• Se validó el ensayo analíticamente con mezclas simuladas y clínicamente con 143 muestras de plasma materno frente a NGS.

Principales resultados:

• Demostró una fuerte linealidad tanto para los métodos de chrY (R2=0.971) como de SNP (R2=0.924).
• El ensayo de chrY mostró mayor precisión y sensibilidad a niveles bajos de FF.
• Se logró una alta tasa de SNP informativos (92,3%), una baja tasa de no respuesta (2,8%) y una fuerte concordancia con NGS (r=0.799).

Conclusiones:

• El ensayo de dPCR desarrollado ofrece una herramienta práctica de control de calidad para el cribado prenatal.
• Permite la cuantificación de FF independiente del sexo sin genotipado parental ni pasos preanalíticos complejos.
• Muestra potencial para aplicaciones más amplias en medicina de trasplantes y monitorización obstétrica.