INFO GRAB: Una aplicación interactiva de shiny para el análisis y visualización de la expresión génica

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Bioinformática
• Transcriptómica

Sus antecedentes:

• El análisis de la expresión génica es crucial para comprender los procesos biológicos.
• La investigación en genómica de aves de corral requiere herramientas eficientes para el análisis de datos transcriptómicos a gran escala.
• Las herramientas existentes pueden carecer de funcionalidades integradas para análisis diversos como la expresión diferencial, específica de tejido y específica de alelo.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una aplicación interactiva de Shiny, INFO GRAB, para la exploración integral de datos de expresión génica en pollos.
• Integrar múltiples funcionalidades de análisis que incluyen expresión diferencial, expresión específica de tejido y expresión específica de alelo.
• Proporcionar herramientas avanzadas de visualización y un visor de genoma incrustado para una mejor interpretación de los datos.

Principales métodos:

• Desarrollo de una aplicación interactiva de Shiny.
• Integración de DESeq2 para el análisis de expresión diferencial.
• Utilización de métricas basadas en Tau para el análisis de expresión.
• Incorporación de datos multiómicos curados.
• Implementación de funciones avanzadas de trazado (gráficos de volcán, mapas de calor, PCA, correlación) y un visor de genoma.

Principales resultados:

• INFO GRAB proporciona una interfaz fácil de usar para explorar datos de expresión génica en pollos.
• La aplicación integra análisis de expresión diferencial, específica de tejido y específica de alelo.
• Las herramientas avanzadas de visualización facilitan la interpretación de datos transcriptómicos complejos.
• La herramienta admite análisis transcriptómicos a gran escala, lo que ayuda en la investigación de mecanismos regulatorios y rasgos genéticos.

Conclusiones:

• INFO GRAB ofrece una plataforma potente y optimizada para la investigación en genómica de aves de corral.
• La aplicación permite a los investigadores analizar y visualizar eficientemente los datos de expresión génica.
• INFO GRAB avanza en el estudio de mecanismos regulatorios y rasgos genéticos complejos en pollos.