Secuenciación multiplexada de accesibilidad de cromatina y expresión génica de ultra alto rendimiento a nivel de...

Área de la Ciencia:

• Genómica
• Biología Molecular
• Análisis de células únicas

Sus antecedentes:

• El perfilado del epigenoma y transcriptoma a nivel de célula única es crucial para comprender las redes regulatorias génicas y la heterogeneidad celular.
• Los ensayos multimodales existentes a nivel de célula única enfrentan limitaciones en el rendimiento y las capacidades de multiplexación.

Objetivo del estudio:

• Introducir un ensayo escalable y rentable, SUM-seq, para el perfilado simultáneo de la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica en núcleos individuales.
• Permitir la preparación de bibliotecas de células únicas multiómicas multiplexadas y de alto rendimiento.

Principales métodos:

• SUM-seq combina el etiquetado in situ de ADN y ARNm accesibles con la microfluídica basada en gotas.
• El ensayo permite la multiplexación de muestras y la resolución de gotas multinucleadas.
• Perfilado simultáneo de la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica de la misma célula.

Principales resultados:

• SUM-seq ofrece una capacidad de rendimiento y multiplexación significativamente mayor en comparación con los métodos existentes.
• El ensayo permite una ampliación sustancial de muestras y núcleos para proyectos a gran escala, experimentos de series temporales y cribas de perturbaciones.
• Reducción de los costos asociados con los análisis multiómicos de células únicas a gran escala.

Conclusiones:

• SUM-seq proporciona una solución potente y escalable para el análisis multiómico de células únicas.
• El ensayo facilita la caracterización rentable y de alto rendimiento de la heterogeneidad celular y los paisajes regulatorios.
• Se proporcionan directrices para el diseño experimental, el manejo de muestras y el procesamiento de datos para respaldar su implementación.