NanoHIVSeq: Un pipeline de bioinformática de lectura larga para el procesamiento de alto rendimiento de secuencias de...

Área de la Ciencia:

• Genómica; Virología; Bioinformática

Sus antecedentes:

• La secuenciación del gen de la envoltura (Env) del VIH-1 es crucial para la epidemiología y el desarrollo terapéutico.; Los métodos tradicionales como la amplificación de genoma único (SGA) son de bajo rendimiento y requieren mucha mano de obra.; La tecnología Oxford Nanopore (ONT) ofrece secuenciación de lectura larga pero enfrenta desafíos con altas tasas de error.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un pipeline de bioinformática sin UMI y sin referencia para la secuenciación precisa de Env del VIH-1 utilizando datos de ONT.; Permitir la recuperación eficiente de variantes de Env funcionales de longitud completa a partir de amplicones de PCR a granel.

Principales métodos:

• Introducción de NanoHIVSeq, un pipeline de bioinformática sin UMI para datos de ONT.; Agrupación de múltiples pasos, pulido de consenso, corrección de indels, eliminación de ruido y genotipado.; Utilizó la tecnología de secuenciación dúplex de ONT con datos de plásmidos y reservorios de VIH.

Principales resultados:

• NanoHIVSeq demostró alta robustez, tasa de recuperación, reproducibilidad y precisión (>99.9% o >Q30).; El rendimiento fue comparable a los enfoques basados en UMI.; Recuperación exitosa de variantes funcionales de Env de longitud completa.

Conclusiones:

• NanoHIVSeq proporciona un enfoque flexible y simplificado para la preparación de bibliotecas de ONT.; Permite la secuenciación reproducible y eficiente de Env del VIH-1, particularmente para cohortes grandes.; Facilita estudios epidemiológicos, investigación de coevolución virus-anticuerpo y evaluaciones terapéuticas.