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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
The technique...
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isoespy: un flujo de trabajo integrado de transcriptoma de lectura larga para la resolución y visualización de

Ko Ikemoto1, Akihiro Fujimoto1

  • 1Department of Human Genetics, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo, Tokyo 113-0033, Japan.

Bioinformatics advances
|February 27, 2026
PubMed
Resumen

La secuenciación de ARN de lectura larga revela transcriptomas complejos. La nueva canalización isoespy integra la estructura de isoformas, la expresión y la función, lo que ayuda al análisis del carcinoma hepatocelular para comprender la diversidad de proteínas.

Palabras clave:
isoespytranscriptomasecuenciación de ARN de lectura largaisoformasanálisis de ARNcarcinoma hepatocelulardiversidad de proteínasbioinformáticagenómicabiología molecular

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Área de la Ciencia:

  • Genómica
  • Bioinformática
  • Biología Molecular

Sus antecedentes:

  • La secuenciación de ARN (ARN-seq) de lectura larga ofrece información profunda sobre la diversidad del transcriptoma.
  • Comprender las funciones de las isoformas de ARN individuales sigue siendo un desafío.

Objetivo del estudio:

  • Presentar isoespy, una nueva canalización bioinformática.
  • Integrar la estructura de isoformas, la expresión diferencial y las anotaciones funcionales para datos de ARN-seq de lectura larga.

Principales métodos:

  • isoespy integra predictores de marcos de lectura abiertos.
  • Yuxtapone los niveles de expresión de isoformas con modelos de genes.
  • La canalización visualiza características posicionales y no posicionales proporcionadas por el usuario.

Principales resultados:

  • La aplicación a datos de carcinoma hepatocelular reveló diferencias en el uso de isoformas.
  • El análisis identificó variaciones en la función predicha de proteínas.
  • isoespy facilita la interpretación de la complejidad transcriptómica.

Conclusiones:

  • isoespy proporciona visualización estructural y funcional integrada para datos transcriptómicos.
  • La canalización ayuda a comprender la diversidad funcional a nivel de isoforma.
  • Esta herramienta mejora el análisis de transcriptomas complejos de ARN-seq de lectura larga.