Requisitos de secuencia e iónicos de los cuádruplexes pUG Fold

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular; Genética; Bioquímica

Sus antecedentes:

• Las repeticiones de poli(UG) forman una estructura cuádruplex paralela de mano izquierda conocida como plegamiento pUG.; Este plegamiento pUG juega un papel en la amplificación epigenética de la interferencia de ARN (ARNsi) en *C. elegans*.; Las secuencias pUG se encuentran frecuentemente en transcriptomas eucariotas.

Objetivo del estudio:

• Elucidar los requisitos de secuencia e iónicos para la formación del plegamiento pUG.; Comprender cómo las variaciones de secuencia y las condiciones iónicas afectan la estabilidad del plegamiento pUG.; Mejorar la predicción de la formación del plegamiento pUG en contextos biológicos.

Principales métodos:

• Se investigaron los requisitos de plegamiento de secuencias de ARN de poli(UG).; Se probaron varias sustituciones de nucleótidos y modificaciones de desoxirribosa.; Se evaluó el impacto de diferentes cationes (K+, Na+, NH4+, Mg2+) y poliaminas (espermina, espermidina) en el plegamiento.; Se examinó la influencia de las secuencias flanqueantes en la estabilidad del plegamiento pUG.

Principales resultados:

• El plegamiento pUG incorpora preferentemente 12 guaninas y tolera sustituciones de nucleótidos, con algunas variantes plegándose de manera más eficiente que el ARN de poli(UG).; Las repeticiones (GA)12 forman un plegamiento similar con menor estabilidad.; El plegamiento tolera algunas sustituciones de desoxirribosa pero no una cadena de desoxirribosa completa.; Alta afinidad y especificidad por iones de potasio (K+); no se observó plegamiento en sodio o amonio.; Los iones de magnesio y las poliaminas no estabilizan significativamente el plegamiento.; Las secuencias circundantes pueden estabilizar o interferir con la formación del plegamiento pUG.

Conclusiones:

• El plegamiento pUG tiene requisitos específicos de secuencia e iones, favoreciendo principalmente los iones de potasio.; La flexibilidad de la secuencia y la influencia de las regiones flanqueantes son factores críticos en la formación del plegamiento pUG.; Estos hallazgos mejoran la comprensión y la capacidad predictiva de la ocurrencia y función del plegamiento pUG en eucariotas.